В 1950 году было образовано ГУСС при ЦК ВКП(б), на которое было возложена задача по проведению экспертных работ и выдачи разрешений на проведение испытаний и эксплуатацию аппаратуры засекречивания. Разработка аппаратуры секретной телефонии, как и раньше, оставалась за Марфинской лабораторией. В таком порядке шла разработка телефонной аппаратуры засекречивания в 1950-51 годах.
Работа по подготовке лаборатории к реорганизации завершилась выходом постановления СМ СССР от 12 января 1952 года «О разработке аппаратуры для засекречивания телефонных переговоров». В соответствии с этим постановлением в ГУСС на базе переданных из ООТ МГБ Марфинской лаборатории и ОТМ, а также 3-й и 5-й лабораторий ГУСС был создан НИИ № 2 (далее - НИИ-2). Начальником института был назначен И.И.Наумов.
Численность НИИ-2 на момент его создания составляла 374 человека, а штат был определён в 700 человек. При создании НИИ-2 было оговорено, что в течение года из состава его работников будут выведены все заключённые. Так завершила свою деятельность Марфинская лаборатория, которая просуществовала около четырёх лет. Сразу после выхода постановления по образованию НИИ-2 в ГУСС распоряжением правительства была создана комиссия по изучению результатов деятельности лаборатории под председательством министра связи СССР Николая Демьяновича Псурцева.
В акте комиссии, представленном в бюро Президиума СМ СССР от 15 февраля 1952 года, отмечалось плохое качество восстановленной речи в системе М-803-3. Прослушав образцы аппаратуры М-803-5, комиссия признала аппаратуру М-803-5 приемлемой для использования на зарубежных линиях ВЧ связи и рекомендовала провести испытания опытных образцов. Что касалось аппаратуры временной стойкости М-503, то комиссия признала её пригодной для использования на внутренних линиях связи.
Акт правительственной комиссии можно считать подведением итогов деятельности Марфинской лаборатории за четыре года. Принятая правительственной комиссией в качестве серийных образцов аппаратура М-803-5 и М-503 была доработана и изготовлена в НИИ-2. Этот институт также получил условное наименование «почтовый ящик № 37», исходя из номера автобусного маршрута, который заканчивался около его территории.
В 1953 году после смерти Й.В.Сталина состоялась очередная реорганизация государственных структур: ГУСС было расформировано, его основные подразделения переданы обратно в органы МГБ, а НИИ-2 - в промышленное министерство: сначала в Министерство электропромышленности и электростанций, а затем в МПСС.
В 1953 году заместителем директора НИИ-2 по научной работе был назначен К.Ф.Калачёв, который по 1970 год являлся главным специалистом института и внёс большой вклад в разработку аппаратуры засекреченной связи и создание основ этого направления в науке и технике. В 1972 году за создание образцов шифровальной техники ему был присуждена Государственная премия СССР.
В феврале-марте 1954 года начальник НИИ-2 И.И.Наумов назначил институтскую комиссию по определению готовности магистрали Москва - Берлин, оборудованной аппаратами М-803-5 и ретрансляторами М-803-Т, к общим линейным испытаниям. На протяжении двух месяцев работы на линии связи комиссия установила достаточную стойкость работы аппаратуры, после чего рекомендовала предоставить аппаратуру на общие испытания. Акт институтской комиссии был утверждён 3 апреля 1954 года.
В период с 15 апреля по 26 мая 1954 года работала общая комиссия ОПС и НИИ-2 по проведению линейных испытаний аппаратуры М-803-5 и М-803-Т. Комиссия оценила качество речи приемлемым для проведения опытной эксплуатации магистрали Москва - Берлин. Акт комиссии был утверждён начальником ОПС П.Н.Ворониным и начальником 3-го Главного Управления МПСС И.В.Лобовым в июне 1954 года.
После проведения работниками ОПС опытной эксплуатации была изготовлена партия аппаратуры М-803-5 и М-803-Т, которой были оснащены важные зарубежные магистрали: Москва - Берлин и Москва - Пекин. Тракт связи Берлин - Москва - Пекин был в то время наиболее длинной в мире магистралью засекреченной проводной линии связи.
Так родилась международная правительственная связь. За выпуск серии аппаратуры М-803-5(Т) группа сотрудников НИИ-2 была отмечена правительственными наградами, в частности, её главный конструктор А.Н.Кабатов был награждён орденом Ленина. В дальнейшем улучшенный вариант этой аппаратуры засекречивания гарантированной стойкости получил название «Лагуна».
Спецотдел НИИ-2 по разработке вокодерной техники с 1956 года возглавил А.П.Петерсон, главный конструктор ряда ОКР, изобретатель и автор 60 научных трудов. За большой вклад в разработку спецтехники был награждён Орденами Красной Звезды и Трудового Красного Знамени.
В 1950-60-е годы советскими учёными были получены новые результаты, способствовавшие прогрессу в разработке методов цифрового представления и кодирования речевых сигналов со всё меньшими скоростями передачи при сохранении разборчивости и натуральности на требуемом практикой связи уровне. Последнее особенно было актуально для аппаратуры засекречивания речи, которая неизбежно вносит в сигнал искажения при его шифрующих преобразованиях и последующей передаче по каналам связи.
В 1960-х годах наступил новый этап в мировом шифраторостроении. Анализ и синтез шифраторов нового поколения сопровождался глубокими теоретическими исследованиями в совсем новой отрасли криптологии. Были определены основные принципы построения их криптосхем и исследованы их типичные узлы и блоки, разработаны основные методы математического расчёта.
В исследованиях были получены важные научные и практические результаты, которые позволили обосновать высокие специальные качества отечественных шифров и найти подходы к дешифровке некоторых иностранных шифраторов. Одновременно эти результаты составили существенный вклад в развитие теоретической криптологии.
Наряду с математизацией и компьютеризацией отечественной криптологии особо важную роль сыграло развитие физико-технического направления. Исследования в этой отрасли позволили на основе синтеза математических и инженерных идей с криптологией решить цепь трудных криптологических задач.
В те годы в НИИ-2 расширялись работы по созданию шифраторов для разных видов связи, например, фототелеграфного или телефонного между подвижными объектами. Развивалась методология анализа и стойкости в зависимости от отказостойкости её компонентов. Велись активные теоретические и экспериментальные работы по количественным оценкам стойкости, которые вывели сотрудников института на понятие алгоритмической сложности.
Попытки засекречивания многоканальной работы аппаратуры начинались ещё в конце 1940-х годов, а первые сетевые модели надёжных систем появились уже в начале 1960-х годов. Получили развитие статистические методы анализа исходной последовательности шифратора, что позволяли снижать стойкость системы засекречивания. В криптоанализ вошла методология определения длины эксперимента над конечным автоматом, позволявший разобраться с его структурой, когда автомат переставал быть «чёрным ящиком» для человека, проводившего криптоанализ.
В целом, в 1950-60-е годы в НИИ-2 были созданы шифровальные аппараты для защиты информации, передаваемой по телефонным и КВ каналам связи М-803-5, «Лиана», «Алмаз», «Булава» и др. В дальнейшем появились специальные комплексы технических средств засекречивания связи и управления «Кавказ», «Роса» и «Интерьер». Наряду с аппаратурой засекречивания телефонной связи были разработаны средства защиты цифровой и телекодовой информации «Стрекоза», «Лань», «Штиль-У» и др.
Для ВМФ НИИ-2 разработал аппаратуру засекречивания радиотелефонных переговоров Т-617 «Эльбрус-К», которая использовалась как в составе КВ и СВ, так и УКВ и ДЦВ комплексов радиосвязи. Промышленностью было выпущено более 2400 комплектов Т-617.
В 1966 году НИИ-2 был реорганизован и переименован в НИИ автоматики (далее - НИИА). За все годы коллективом НИИА было создано несколько поколений технических средств и систем шифрованной связи. Это позволило решить разнообразные задачи по засекреченной связи, боевому и государственному управлению в СССР. Возглавляли институт в разные годы И.И.Наумов (1952-53), А.А.Иванов (1954-68), Ю.Н.Гаммов (1968-82), А.Ф.Алексеев (1982-93), А.Н.Лихоманов (1993-99).
За время работы 38 сотрудников института стали лауреатами Ленинских и Государственных премий, свыше 400 специалистов награждено орденами и медалями. Большой вклад в создание новых образцов техники внесли конструкторы, технологи, работники опытного производства и других подразделений института: В.А.Ермолаев, В.Н.Пуминов, Ю.П.Иноземцев, А.И.Савельев, Н.А.Чекрыжов, Г.А.Орешкин и др. В 1978 году НИИА за достижения в области науки и техники был награждён орденом Ленина.
В течение многих лет криптологическими работами в НИИА руководил Дмитрий Всеволодович Скороходов (1937-2005). В 1959 году он по окончании механико-математического факультета МГУ был направлен на работу в НИИ, где проработал 46 лет. Д.В.Скороходов был в числе первых математиков-криптологов, внедрявших математические методы при анализе и синтезе аппаратуры засекречивания. Разработанные им алгоритмы были реализованы в ряде аппаратов и выдержали испытание временем. Он был основоположником специфического направления по синтезу алгоритмов для образцов новой техники системы опознавания «свой-чужой» и Главным криптологом системы.
Сегодня федеральное государственное унитарное предприятие «НИИА», работающее под эгидой Российского агентства систем управления, находится в числе ведущих учреждений РФ по проблемам информационной безопасности, разработке и производству технических средств и систем засекреченной связи, систем автоматизированного управления специального назначения.
НИИА - главный исполнитель работ по одной из наиболее значимых федеральных целевых программ, направленной на создание и развитие информационно-телекоммуникационной системы специального назначения в интересах государственной власти. Аппараты, комплексы средств шифрованной связи, защищенные сети и информационно-телекоммуникационные системы, разработанные и изготовленные сотрудниками предприятия, установлены в Московском Кремле, Доме Правительства, министерствах, штабах и на передовых позициях воинских подразделений. Рядом с Президентом России постоянно находится одно из изделий НИИА - известный всему миру «ядерный чемоданчик».